濾桶的作用主要是以物理過濾為主的，所以在濾材的選擇上也要有選擇。濾桶內常用的濾材有兩種:一種是負責濾棉、細棉、白棉、生化棉的物理過濾；二、負責各種濾料的生化過濾、陶瓷環、菌房、生化球等。此外，還有一種輔助性的濾材，如活性炭，用來吸收濾材中的異味。濾材的放置順序由水流方向決定，濾桶的過濾形式有兩種，一種是水流經過濾后逐層進入濾桶，然后由水泵通過管道進入濾桶底部排出清水。另一種是淡水先進入過濾桶底部，過濾后的水通過水泵的吸力泵入出水口排出。
根據水(shui)流(liu)方向，濾(lv)(lv)材(cai)按如下順序排(pai)列:過(guo)(guo)濾(lv)(lv)棉(mian)+濾(lv)(lv)料+輔助濾(lv)(lv)材(cai)，或過(guo)(guo)濾(lv)(lv)棉(mian)+輔助濾(lv)(lv)料+濾(lv)(lv)材(cai)，總之，過(guo)(guo)濾(lv)(lv)棉(mian)始終放(fang)在首(shou)位，防止魚(yu)等雜質進入濾(lv)(lv)桶。