活性炭過濾器使用時必須消毒。否則，每個人使用的水都會與其他有害物質混合。就像我們通常使用的碗筷需要消毒一樣，活性炭過濾器應該怎樣消毒？
接觸水處理和過濾的工人都知道，特別是對于污水、有機廢水和更復雜的水質，理想的水質只有經過活性炭、水處理絮凝劑、聚合氯化鋁、石英砂濾料、無煙煤濾料過濾層等層層過濾才能得到。這些環節和過濾設備的消毒非常重要。
活性炭過濾器的日常處理是進行正向沖洗和反沖洗。它只能沖洗掉煤基柱狀活性炭之間的絮狀物和懸浮顆粒，不能清除活性炭內表面的吸附物。柱狀活性炭使用一定時間后吸附能力減弱，需要再生。為了使處理單元具有一定的微生物附著能力，不至于由于微生物的過度積累而污染下游處理環節，需要定期去除柱狀活性炭進行巴氏殺菌。